До 1989 год. ежегодно е подновяван 10-15 % от тогавашния наличен автобусен парк, като средния пробег на автобусите е под 400000 км. В годините на прехода има много нулеви години по отношение доставка на нови автобуси. Първата доставка на нови автобуси е през 1992 год. – 25 броя 12 метрови автобуси Mercedes О302Т, което е подновяване на 1,8 % от тогавашния автобусен парк. Следващата доставка на нови автобуси е през 1996 год. с доставка на 30 бр. 18 метрови автобуси „Chavdar 141”, за менили 2,5 % от старите автобуси.
Част от съществуващия автобусен парк за периода 1992-2002 год. е заменен с автобуси втора употреба марка Mercedes от серията О305 (G), произведени 1978-1981 год.
През 1988-1989 год.са доставени първите нови автобуси с екологични показатели ЕВРО 2 71 броя и през 2002 год. още 36 броя от марката Mercedes и MAN. През 2003-2005 год. са доставени общо 101 броя автобуси с показатели по ЕВРО 3 от марката Mercedes и ВМС. През 2008 год. са доставени 35 броя автобуси Mercedes С628.310 с показатели по ЕВРО 4 и 9 броя чисто газови автобуса за работа със сгъстен природен газ Tedom C12G с покозатели по ЕВРО 5. През 2014-2015 год. са доставени 126 броя автобуси MAN Lion's City G, работещи само със сгъстен природен газ и с показатели по ЕВРО 6. През 2016 год. са доставени 110 броя автобуси Yutong ZK6126HGA също с показатели ЕВРО 6. Към началото на 2017 год. след извършеното подновяване 8 % от наличния парк е с показатели по ЕВРО 0; 4 % е с показатели по ЕВРО 1; 24 % е с показатели по ЕВРО 2; 19 % е с показатели ЕВРО 3; 7 % е с показатели ЕВРО 4 и 5 и 40 % е с показатели ЕВРО 6.
От 2005 год.Дружеството експлоатира модерни нископодови автобуси с накланящ се под и с рампа за достъп на хора в неравностойно положение, като в началото на 2017 год. вече са 340 броя или 58 % от съществуващия автобусен парк.
"Столичен автотранспорт" ЕАД е пионер по използването на алтернативни горива – природен газ като заместител на традиционното течно гориво на автобусите от столичния масов градски транспорт.